La Cofradía de María Santísima de la Amargura data del año 1941 y se procesiona desde el 1945, su autor se desconoce ya que se encuentra en duda entre Antonio Illanes Rodríguez, según argumenta el pueblo y José Rivera García, según la tesis de Alberto Villar Movellán.
Una Cofradía que ha estado celebrando fastos con motivo del 75ª fundacional y que tendrá que postergar la salida, como todos a tiempos venideros.
Su Cofrade Mayor es Antonio Baena Cobos y su Hermano Mayor, Ignacio Domínguez Baena.
Por el año 1944 y después de desaparecer la Hermandad de los Dolores del Convento, Dña. Emilia Reina Salas tiene la ilusión de fundar una nueva hermandad con una nueva imagen de la Madre de Jesús y decide transmitir su idea a Rafael Esojo Molina, para que este a su vez se lo comunique a sus hermanos de la Corporación Los Evangelistas y siempre con la colaboración del Párroco de la purificación D. Arturo Puentes Peña. Por fin en el año 1945 se procesiona por primera vez la Virgen de la Amargura, portando un manto azul bordado en oro y un palio blanco igualmente bordado en oro. El paso era portado por bastoneros y descansaba en unos bastones con horquilla.
Desde entonces la Corporación Bíblica de Los Evangelistas ha estado siempre estrechamente unida a esta Hermandad, así pues Los Evangelistas formaron el primer grupo de Nuestra Señora de la Amargura.
En 1949 el hermano Antonio Carvajal Martínez, tallo la Cruz de guía que se procesiona actualmente, más tarde por motivos personales tuvo que ausentarse de Puente-Genil, siguiendo la tradición de portar la Cruz de guía Rafael Luque Estrada y sus hijos Francisco y Rafael, desde entonces dicha cruz es portada siempre un miembro de la familia Luque.
El año de 1958 fue un periodo de mucha actividad en la Cofradía, con mucho trabajo, muchas alegrías y una profunda amargura, en este año se estreno el trono que luce actualmente, realizado en los talleres de Córdoba de D. Rafael Valverde, representando en las cuatro esquinas las imágenes de los cuatro Evangelistas (San Mateo, San Marcos, San Lucas y San Juan) en representación a la estrecha unión que existe con esta Corporación Bíblica.
También es de agradecer a la camarera mayor, Dña. Emilia Reina Salas y a sus hermanos (de sangre) las siguientes donaciones: Unas nuevas túnicas para los hermanos, un nuevo manto y palio en terciopelo rojo grana que sustituye al que lucia anteriormente, además de una saya blanca bordada en oro.
El palio muestra en el centro un «Ave María Coronada» de gran tamaño y enmarcada por unos hermosos bordados de oro, el nuevo manto presentan un bordado en oro realizado como los anteriores por las RR.MM. adoratrices de Málaga y sus dimensiones alcanzan los 4,5 m de largo por 3,90 m de ancho.
En el año 1972 la hermandad inaugura su cuartel en propiedad, para poder celebrar los actos de hermandad y no tener que estar pidiéndolo prestado como se venia haciendo anteriormente, que por cierto es de agradecer y mencionar como tan amablemente lo han facilitado siempre.
